TCGA癌症临床数据资源上半年介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，恶性肿疣症DNA上图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）构想以多形连续性海绵母细胞核疣（GBM）、肺鳞状细胞核恶性肿疣（LUSC）和卵巢浆液连续性囊腺恶性肿疣（OV）开始为期3年的体制改革构想，2009年~2015年全面展开。到构想截止，TCGA的网络研究者工来作者已描绘了33种恶性肿疣症种类10,000余举例眼疾人的分子会形态，并假设了很多分子会非典型。TCGA包含的眼疾理关键形态代详见蓝营化的图表换取。为确保确实用到这些具DNA形态的海量眼疾理图表，最近TCGA进行一批重大成果，发详见在CellPress旗下的期刊。

本文对4年初5日发详见Cell上的一文顺利进行编译器。评论详述以OS（总穴居期）、PFI（无困难重重等待时间延迟）、DFI（无眼疾等待时间延迟）和DSS（疾眼疾相关能活）为四个主要眼疾理结果起始站的TCGA蓝营恶性肿疣症眼疾理图表能源（TCGA-CDR）规格化图表库，并得出结论了每种恶性肿疣症种类的起始站用到同意。TCGA眼疾理图表可从DNA图表共享空间（GDC）门户网站下载，所有的分子会图表在下载。眼疾理图表和分子会图表用到同样的条码结构，便于眼疾人的眼疾理数据资料和采样分子会图表建构。

TCGA蓝营恶性肿疣图表库描述符形态

上图1A为眼疾理图表建构和研究者方式及4个主要眼疾理起始站共通和评量的流程上图,对33份初始备案和97份后续图表文件，共33种恶性肿疣症种类111,60举例恶性肿疣症眼疾人的数据资料顺利进行了处理。详见1为每个TCGA描述符的基本形态。按原发采样根据分子会形态选入每个描述符，眼部黑色素疣（SKCM）的原发和移转到灶两种种类都有，其它极多于数的原发与移转到种类也有研究者。

上图1. 眼疾理图表建构和研究者方式及4个主要眼疾理起始站共通和评量流程上图

详见1. TCGA 蓝营恶性肿疣描述符形态

眼疾理结果起始站OS、PFI、DFI和DSS

总穴居期（OS）很重要，灵活性是假设OS暴力事件时模糊连续性最很低。但用到OS来作起始站意味著遏制眼疾理研究者，因为非恶性肿疣验尸比如说能反映出眼疾理学、摧残连续性或对化疗缓解。用到OS或即可更长的随访等待时间；很多眼疾理试验之前，一般而言运用于相对来说随访等待时间较短的DFI或PFI。针对现有TCGA眼疾理图表，要提醒到短时眼疾理随访等待时间延迟在摧残连续性恶性肿疣症种类结果的重要连续性，因为意味著几年内就掩蔽到眼疾理暴力事件，在死亡前已用到眼疾情罹患或困难重重。对摧残连续性占优势的恶性肿疣症种类，眼疾人在数十乃至几十年后罹患，随访前夕意味著未掩蔽足够暴力事件以赞成可靠结果供判断。该研究者的目的是检验TCGA蓝营恶性肿疣眼疾理检测的相对来说优势和不足，个人兴趣更全面的研究者和避免随访等待时间延迟等待时间不足等缺陷。

研究者全部TCGA眼疾理图表后，论据如下：在图表可获得时，OS、PFI及DFI相对来说确实，但多数情况下并不需要多于于DSS。上图1B为33种完全相同恶性肿疣症种类的OS K-M曲率。尽管穴居研究者不是TCGA主要目标，多数恶性肿疣症种类穴居曲率与即使如此评量完全相同穴居起始站的法理研究者基本完全相同，GBM、OV（2008, 2011）和很低级别海绵疣（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好举例证。PFI、DFI和DSS的K-M曲率见上图1C–1E。

上图1 B-E眼疾理图表研究者

基于每种恶性肿疣症种类4个起始站的掩蔽等待时间计算平均随访等待时间及暴力事件或检验的之前位等待时间（详见2）。所有的之前位随访等待时间为22.1个年初，但完全相同种类恶性肿疣症该等待时间不同极大；GBM和急连续性髓系肺恶性肿疣（LAML）最短约12个年初，而肾嫌色细胞核恶性肿疣（KICH）最长约48个年初。

详见2 相非常之前位随访等待时间及4个起始站的暴力事件与掩蔽之前位等待时间

录用用到的眼疾理结果起始站

眼疾理结果起始站并不需要各有不同研究者目标、暴力事件量、描述符大小和结果图表恒星质量。将这些方式和开发的其它方式来作为对单个疾眼疾图表库的试验和不足之处检验，得出结论在每种疾眼疾种类之前用到每个结果起始站的同意及可能（详见3）。每种恶性肿疣症种类的穴居起始站即可要至多于通过一个主要试验和不足之处检验才被不感兴趣。33种恶性肿疣之前的13种用到全部4个起始站：膀胱尿路上皮恶性肿疣（BLCA）、卵巢鳞状细胞核恶性肿疣（CESC）、结肠恶性肿疣（COAD）、食管恶性肿疣（ESCA）、头颈部鳞状细胞核恶性肿疣（HNSC）、肾状细胞核恶性肿疣（KIRP）、肺腺恶性肿疣（LUAD）、LUSC、OV、胰腺恶性肿疣（PAAD）、肉疣（SARC）、胃腺恶性肿疣（STAD）和子宫内膜恶性肿疣（UCEC）。相反，未一个起始站的有嗜铬细胞核疣和副神经节疣（PCPG）。淋巴弥漫大B细胞核淋巴疣（DLBC）、LAML和胸腺疣（THYM）至多于一个起始站；悉数恶性肿疣症种类2或3个起始站，但其之前一些持保留观点。最可靠的是PFI，可无保留地录用给除LAML（无图表）、DLBC和KICH（小心谨慎用到）和PCPG（不录用）皆的4种。

详见3 起始站OS,PFI,DFI及DSS的评量与录用用到

解析TCGA-CDR及案举例系统设计

在乳腺恶性肿疣研究者之前，雌激素ER阴连续性眼疾人眼疾理穴居期生存率比ER+眼疾人负。分别用OS、PFI、DFI和DSS非常这两类眼疾人的穴居期（上图3A–3D；曲率截止于10年随访等待时间，但用到整个图表库顺利进行研究者）。单考量研究者显示，用到PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）来作为眼疾理起始站，TCGA之前ER+乳腺恶性肿疣眼疾人比ER-眼疾人有更高的穴居期，但用到OS时两类眼疾人间不实际上不同(p = 0.097) 。此皆，两类眼疾人的DSS（p = 0.009）有值得注意不同，详见明DSS的潜在价系数。以上推测证实了PFI和DFI是特定种类乳腺恶性肿疣分子会研究者的合适起始站。

上图3 解析和系统设计实举例

此皆还解析了摧残连续性GBM穴居结果起始站。TCGA之前GBM之前位OS为12.6个年初，介于当年报道的规格化疗的12.1个年初和规格化疗联合替莫唑胺的14.6个年初彼此间。之前位PFI是6.1个年初，介于当年报道的规格化疗5个年初和规格化疗联合替莫唑胺的6.9个年初彼此间。显然，TCGA图表库OS和PFI暴力事件等待时间与文献相反。再次印证OS和PFI来作为GBM分子会研究者的眼疾理起始站效度。

用Cox比重危险性回归数学模型确定高期（III、IV期）相对来说很低期（I、II期）恶性肿疣症眼疾人的危险性比（HR），解析4个起始站的TCGA-CDR图表。由于DFI假设与其它结果的假设不相反，对录用用到OS、PFI和DSS的14种种类恶性肿疣症非常logHR（详见3）。随后至多于对依赖于Cox比重危险性推论的疾眼疾顺利进行统计数字（上图3E–3G）。结果详见明，14种种类恶性肿疣症之前，除间皮疣（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素疣（UVM）皆，高期对比很低期HR在3个录用起始站OS、PFI及DSS上明显偏高。运用于配对采样的Wilcoxon秩和检验，当用到PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有值得注意不同，显示疾眼疾困难重重和穴居起始站在HR上实际上系统偏负；OS与DSS彼此间未值得注意不同（p = 0.106）。对2个logHR系数的规格误用顺利进行成之计量确定Pearson相关系数， 由logHR多于于的3种结果有极值得注意正相关：PFI和OS相关系数0.96（95%贝叶斯[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%贝叶斯：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%贝叶斯：0.61–0.98）。这些相关连续性潜在赞成眼疾理20世纪用PFI，晚期用OS和DSS做起始站。

除了建构分子会图表，还尝试研究者首次化疗后无眼疾患与非无眼疾患是否用到完全相同的新暴力事件。TCGA-CDR之前29类恶性肿疣症电子邮件应用于彻底解决该问题，纳入眼疾人从诊断到进行首治并达到无眼疾状态至多于能活3个年初。以LUSC为举例，有289举例无眼疾患和41举例长期非无眼疾患，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比重危险性回归数学模型，推测在非无眼疾患之前NTE危险性值得注意高于无眼疾患（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR调整q系数＜0.05）。在另皆21种恶性肿疣症种类之前也有完全相同结果（详见4）。全数7种之前未掩蔽到这些不同。我们也在评量是否每个数学模型都依赖于比重危险性推论，其之前有两个不符合，即可要研究者等待时间依赖及多变量数学模型来追寻可能。

详见4 非无眼疾与无眼疾患NTE发展对比

TCGA从全世界数百个条线路换取眼疾举例，为彻底解决眼疾理图表完全相同条线路间的可比连续性，即可考虑到图表完备连续性、和眼疾人形态等。对每种疾眼疾而言，我们对比了前两名透过眼疾举例数最多的组织相关联条线路（TSS）与所有其它TSS的同种疾眼疾及4个结果起始站（详见5）。

详见5 对来自前两位TSS的每个恶性肿疣症种类研究者结果顺利进行非常

对于GBM等极富摧残连续性的，前两位TSS（#1和#2）的发眼疾成年人与其它TSS相比完全相同的有OS、PFI和DSS，因暴力事件太多于难以研究者不录用DFI做起始站。BRCA等较很低摧残连续性，顺势录用用到PFI和DFI，但同意小心谨慎用OS或DSS评量。TSS #1的眼疾理图表激发不太好的OS和DSS，但未掩蔽到PFI不同；另皆，详见面上TSS#1有更高的DFI结果，至多于用到3举例 DFI暴力事件。这种详见里不一的现象详见明该条线路的结果图表即可全面评量。另一方面，TSS #2的4个起始站结果与其它地方相反。

这个简单的结果非常详见明，当从特定结果研究者整体TCGA的眼疾理图表时，即可要考虑到TSS的具体电子邮件。由于年龄、分期/分级及化疗等考量阻碍完全相同TSS体弱成年人的起始站结果，TSS可以来作为这些和不完全眼疾理注解等其它未测量不同的替代。

潜在的相异考量、竞争者结果的

危险性及数学模型推论

对眼疾理穴居起始站研究者来说，同意用到所处理的全部眼疾理图表。但相比分子会/DNA图表的建构研究者，要提醒两个方面。首先，录用观点基于基线穴居数学模型，以分子会非典型来作推论因子划分采样集，有意味著损坏结果统计数字的值得注意连续性不同。因此，从互相关联的TCGA分子会图表或非典型TCGA-CDR结果图表之前得出的论据即可在法理的图表库之前全面证实。

第二，我们同意至多于用到原发的分子会图表，因为眼疾人初诊时，重要等待时间电子邮件等转换的眼疾理图表已换取相对来说完备。眼部黑色素疣（SKCM）在TCGA种类之前非常完全相同于，470举例之前至多于103举例原发，其余296举例为原发连续性腹腔移转到，68举例可执行移转到。这与很多于换取到移转到疣的其它TCGA恶性肿疣症种类产生鲜明对比。SKCM移转到疣很多于具有转换的原发，而其它TCGA恶性肿疣症种类尽管很多于有移转到疣，但都具有转换的原发采样。因此，对于SKCM结果的相关连续性，同意只用到依赖于量的原发眼疾举例，尽管SCKM腹腔移转到的III期眼疾举例可来作为法理组群顺利进行研究者。

在用到新建构的TCGA-CDR图表库时，还即可要提醒：潜在误读考量、竞争者结果的危险性及数学模型推论。

相异考量

相异考量实际上但被排除在数学模型皆时，偏负意味著高估或很低估真实。如在乳腺恶性肿疣的种族不同研究者之前，白人与黑人眼疾人彼此间实际上重要的基因详见达不同，然而根据分子会非典型顺利进行调整后，这种不同值得注意减多于甚至消失。治果也是潜在的相异考量，当电子邮件可换取时应适当考虑到调整。化疗未知时，年龄、诊治医院及诊断年份等规格化疗来作为替代电子邮件能减多于部分误用负。对这方面的决策建模，帮助用到标志物生存率研究者同意报告（REMARK）。

竞争者结果的危险性

测定DSS、DFI和PFI起始站时，要对未境遇重要暴力事件且无眼疾的死亡眼疾人顺利进行初审。在这种情况下，如果推论眼疾人未其它验尸，那她/他事与愿违仍意味著死于恶性肿疣症指征。然而，在多于于化疗等推论因子对继发连续性恶性肿疣症或心血管疾眼疾等非指数恶性肿疣症死亡危险性的推论并能时，该推论并不可取。

数学模型推论

系统设计Cox比重危险性（PH）数学模型必须检验PH推论。除多于数案举例皆，大多数数学模型都依赖于Cox PH推论，但即可全面探索这些美国疾眼疾控制与预防中心以找出有违推论的可能，从而对HR做出更准确的多于于。尽管仍然为修补图表和彻底关键在于付出代价了前所未有奋斗，但仍实际上重要的用到限制，访问TCGA眼疾理图表都必须提醒到这些限制。

首先，TCGA主要是为分子会研究者设计，最初眼疾举例并不需要来自多个法理机构具有合适再生产组织的未化疗原发眼疾举例，因此这些眼疾举例不构成连续连续性。此皆，对于每种完全相同种类/研究者，随访图表未统一换取。同时，眼疾理图表换取的一些准则在即使如此被迫随着等待时间的推移而相反。TCGA - CDR不包含恶性肿疣症化疗史，并非所有眼疾举例都被注解。因此，研究者特定种类或非典型的化疗剧中优于概要连续性蓝营恶性肿疣研究者。当眼疾人顺利进行具体化疗时，受益能用DFI和PFI起始站有效研究者。

其次，TCGA采样眼疾理随访根据当地诊所的等待时间详见，意味著为疾眼疾或特定部位的罹患和眼疾人重要一个人状态的记录，因此未TCGA指定的眼疾理随访构想，至多于得出结论构想主要强调的分子会形态。

最后，几乎所有TCGA获得的采样和DNA及分子会图表来自新诊眼疾人原发的单个切片，由此激发的DNA和分子会图表不能在空间或等待时间任何方面明确脱逃代详见另一眼疾人结果变量的异质连续性。该问题不是TCGA十分相似的，任何静态原发连续性研究者都实际上。

展望

这项工来作是迄今为止第一次全面系统地处理TCGA蓝营恶性肿疣眼疾理数据资料。由此激发的TCGA-CDR的结果起始站与法理非TCGA研究者结果相反，指明该能源在造就阻碍力也的眼疾理尺度上透过了生命体观测者新视角。也要提醒到TCGA-CDR的内在用到上都及关键连续性个人兴趣和录用观点。仍然非常角度看，人类所疾眼疾未来大阻碍力也的分子会研究者必须系统地换取眼疾理眼疾理、化疗和转给暴力事件图表，以坚持最高规格的眼疾理研究者。尽管有其上都，TCGA-CDR透过了规格化图表库，以及清晰的4个眼疾理结果起始站解析，并彻底解决了恒星质量问题，从而在蓝营恶性肿疣和个体水平上顺利进行生成研究者。未来图表研究者的揉合将提高结果彼此间的可比连续性，更高地解释和赞成重复。

参考数据资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics